二馆，原是旧花莲工务段、警务段，是负责花东铁道的保养维护和治安的单位。
这两单位的木造建筑都建於1946年，房屋构造几乎都用卡榫接合。工务段展示着一些旧的枕木与以前办公室的样貌；其中，负责轨道接片、房舍铁件等的打铁工房，建於1923年，里面还有当时的打铁炉、水箱等设备，彷佛重现那段炽热炉火的岁月。

警务段办公室，改为展示中心，老式的电话、餐盒、制服、臂章、车票，这些陈旧的展示品，让人彷佛进入了时光隧道。旁边有一间的拘留所，当时东线铁道一般的刑事案件，大部份为小偷、交通违规者、制造车祸者等，外观是水泥建筑，内是两间有为着钢条的房间，可见戒备还森严。
二馆区内有个帮浦，炎热的夏天，游客都喜欢来此汲水消暑，附近的木造厕所，虽经整修，因为是古迹，只供叁观！